Nei semi di cacao sono contenuti gli alcaloidi teobromina, caffeina e teofillina. Gli alcaloidi derivano la loro importanza dal fatto che sono dotati di una certa attività farmacologica, soprattutto a livello del sistema nervoso centrale, ma anche a livello dei sistemi cardiovascolare, renale e respiratorio, stimolando garbatamente alcune funzioni fisiologiche come l'attività respiratoria, la diuresi, le funzioni gastriche ed enteriche, nonché l'attività cardiaca e il consumo di ossigeno. Nel cioccolato prevale nettamente la teobromina, che è dotata di scarsissima attività farmacologica; pertanto i rischi di effetti sfavorevoli derivanti dal consumo di cioccolato sono praticamente nulli, specie se si considera il livello medio dei consumi di cioccolato in Italia (dell'ordine di 7-8 grammi al giorno).

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